新疆警察学院侦查系成立于2012年，前身是1983年新疆政法管理干部学院设立的刑侦技术教研室。现设有系办公室及国家安全与反恐、刑事侦查、禁毒、犯罪情报、经济犯罪侦查5个教研室。在册教职工38人，自有专任教师29人，其中教授2人，副教授6人，讲师9人，助教6人。

侦查系承担侦查学、禁毒学本科，刑事侦查专科的学科研究、专业建设、专业课程教学和人才培养、社会服务等职能。同时承担中国人民公安大学、中国刑事警察学院、新疆警察学院侦查学本（专）科函授学历教育，承担全疆在职民警培训、外警培训中的侦查业务、禁毒业务、国保业务及反恐业务培训任务。

侦查学专业为学院升本后首设4个专业之一。侦查学（反恐方向）2015年获批公安部重点专业培育点，2017年获批自治区“战略新兴”重点专业，2020年获批自治区一流专业建设点。2017年起，侦查学专业遴选组建反恐试点班，实施“1+3”人才培养模式。现有在校学生人数698人（反恐方向83人）。

2014年经教育部批准，设立禁毒学专业，2018年9月招生。现有在校学生人数143人。

侦查系紧扣新疆工作总目标，服务新疆经济社会发展和公安实战，凸显地域优势，注重立德树人，突出反恐维稳特色，研发反恐特色课程，开展反恐课题研究，改革人才培养模式；开展校局合作、基层送教、实战实训和禁毒社会工作；建成模拟审讯实训室、犯罪情报实验室、毒品案件侦查实验室，建有校外实习实训基地10个。

侦查系目前在建5门院级课程思政示范课、培育课和10个教学团队，反恐研究成效显著，承担国家级研究项目4项，省部级7项，厅级课题18项（教改项目8项），发表论文70余篇。主编、参编专著、教材10部。

近年来，侦查系在学院党委的坚强领导下，奋力拼搏，克难攻坚，获得了很多成绩。2018年度侦查系获新疆警察学院全面从严治党党风廉政建设和反腐败工作考核优秀奖；2011年7月被学院评为先进基层党组织；2008年因教学改革工作中成绩突出被授予集体三等功。2009年，侦查系党支部书记王春燕同志因在自治区高等教育人才培养工作中做出突出贡献，被新疆维吾尔自治区教育厅授予“新疆维吾尔自治区高等学院教学名师”称号；2014年，侦查系调研员叶建鸿同志被评为全国公安系统优秀教师；2016年，侦查系副主任王利同志荣获第二届全国公安院校教学技能大赛刑事侦查类专业教师竞赛二等奖。